转录组表达量分析(环境构建)

1、安装miniconda

下载Miniconda3最新版本:

wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

下载大文件或不稳定网络环境下非常有用,可以避免重新下载整个文件

验证 Miniconda 是否成功安装:

conda --version

增加多个下载通道channels:

conda config --add channels bioconda

conda config --add channels conda-forge

展示已增加的通道

conda config --show channels

conda config --get channels

使用conda不同通道下载安装软件的命令通常是(以bioconda为例)

conda install -c bioconda <softname>

2、利用miniconda创建一个名为rna的python环境,版本为2(同样可以安装其他版本,视需使用软件不同)

conda create -n rna python=2

3、激活rna环境(环境的作用是进行软件的管理)

conda activate rna

#退出当前环境

conda deactivate

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