今天遇到了一个问题：利用R绘制的热图聚类跟其他软件进化树不一致，但是我们需要这两个的组合图。开始思考如何解决，叮叮叮，有了！

解决方法包括两步：

1、R绘制基因表达量热图（注意按照进化树的ID顺序进行制作输入文件）

2、进化树的绘制

第一步：R绘制热图（超简单）

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# 差异基因在不同组织中表达量热图
setwd(“自己的工作路径例如：G:/Location/”)#很重要，可以很容易找到自己的文件

#文件输入和数据预处理

{
TPS_DG<-read.csv(file = “./表达量矩阵.csv”,sep=”,”)#主要输入的csv文件是以逗号分隔的
rownames(TPS_DG)<-TPS_DG[,1]
TPS_DG<-TPS_DG[,-c(1:2)]
library(dplyr)
#对行名中的字符进行替换，不需要的可以跳过这一步
colnames(TPS_DG) <-sub(“_fpkm”,””,colnames(TPS_DG))
colnames(TPS_DG) <-sub(“_”,”-“,colnames(TPS_DG))
colnames(TPS_DG) <-sub(“_”,”-“,colnames(TPS_DG))
#对所有值取对数，可以减小太大的数值差异
normalized_TPS_DG <- log10(TPS_DG+1)

}

#开始绘制热图
{

library(pheatmap)
p1<-pheatmap(normalized_TPS_DG,
color = colorRampPalette(c(‘#D9EDDF’,’#20AD6F’,’#008D83′))(100),#自定义填充颜色
border_color = “white”,#定义边框的颜色
scale=”none”,#不对矩阵进行聚类，需要聚类可以输入column或row，但是当前只能选择none

cluster_cols = F,cluster_rows = F,treeheight_row=30,
treeheight_col=30,fontsize_row=7,fontsize_col=7,angle_col = 45)

}

#热图输出，包括png格式和pptx格式

{
library(‘ggplot2’)
ggsave(filename = “./heatmap.png”,plot = p1,width = 6, height = 8, dpi = 1200)#图片长宽不合适可以适当修改

library(eoffice)
P<- topptx(p1,filename = “heatmap.pptx”,units=”in”, width=5,height=20)

dev.off()

}

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第二步：进化树的绘制（各自研究哈哈哈，这个也很简单，每个人都不一样，后面有时间再更新）